Самые крупные вузы Уфы:
Башкирский государственный аграрный университет — один из ведущих сельскохозяйственных ВУЗов в Российской Федерации.
Башкирский государственный медицинский университет — один из ведущих медицинских вузов страны. В университете 69 кафедр. Факультеты: Фармацевтический; Лечебный; Стоматологический; Факультет лечебного дела; Педиатрический; Медико-профилактический (с отделением микробиологии).
Башкирский государственный педагогический университет им. М. Акмуллы: 5 институтов, 7 факультетов, 43 кафедры.
Башкирский государственный университет: 11 факультетов; 5 институтов; 4 филиала (в Сибае, Стерлитамаке, Нефтекамске, Бирске).
Восточная экономико-юридическая гуманитарная академия: 5 институтов; 24 учебных корпуса; 3 общежития; 70 компьютерных классов с новейшим оборудованием и современным программным обеспечением.
Уфимский государственный авиационный технический университет: 6 факультетов и 2 института, 7
Уфимский авиационный техникум — структурное подразделение УГАТУ, готовит руководителей среднего звена.
Уфимский государственный нефтяной технический университет имеет 8 учебных корпусов в Уфе. Все оснащены современными лабораторным оборудованием, тренажерами, компьютерной техникой. Есть своя поликлиника и 10 общежитий. Есть свой стадион,
Уфимский филиал Финансового университета при Правительстве РФ: 3 корпуса оснащены необходимым оборудованием; 2 общежития.
ФГБОУ ВПО Российский экономический университет им. Г.В. Плеханова — уфимский институт (филиал). Это лидирующее экономическое высшее учебное заведение Республики Башкортостан, ведущее подготовку высококвалифицированных кадров для торговой отрасли региона.